Unter der zunehmenden Gewalt der Militärdiktatur Argentiniens verschwanden und starben Tausende von Menschen. Als Mitglied einer oppositionellen Gruppe, die bedrohten Argentiniern half das Land zu verlassen, geriet auch Elisabeth Käsemann immer mehr ins Visier der Machthaber. Doch sie beschloss, trotz der drohenden Gefahr in Argentinien zu bleiben.
In der Nacht vom 8. auf den 9. März 1977 wurde Elisabeth Käsemann von den argentinischen Militärs in Buenos Aires entführt, in ein Folterzentrum gebracht und am 24. Mai 1977 erschossen. Sie war 30 Jahre alt, als sie starb. Am 16. Juni 1977 wurde sie in Tübingen beigesetzt.
1998 wurde in Deutschland die „Koalition gegen Straflosigkeit in Argentinien“ von Familienangehörigen deutscher Verschwundener gegründet. Ihrem Einsatz ist es zu verdanken, dass im Fall Elisabeth Käsemann 2001 erstmals drei Haftbefehle gegen ehemalige Angehörige der argentinischen Militärjunta von der Staatsanwaltschaft Nürnberg erlassen wurden. Auf den Haftbefehlen basierend stellte 2004 die damalige Bundesregierung Auslieferungsersuchen, denen jedoch nicht nachgekommen wurde.
Im Juni 2005 annullierte Argentinien die Amnestiegesetze, die bis dahin die Verantwortlichen von Menschenrechtverletzungen während der Militärdiktatur, vor Strafverfolgung schützten. Seitdem ist es allen Familienangehörigen der Verschwundenen möglich, in Argentinien Strafanzeige gegen die verantwortlichen Militärs zu erstatten. Aufgrund dieser Gesetzesänderung sind in Argentinien bislang fast 200 Täter verurteilt worden.
Im Dezember 2009 wurden in Argentinien die Prozesse gegen Verantwortliche des berüchtigten Folterlagers EI Vesubio eröffnet. Dort wurde auch Elisabeth Käsemann gefoltert und ermordet. Am 14. Juli 2011 ergingen gegen die Täter Haftstrafen zwischen 18 Jahren und lebenslanger Haft. Die Bundesrepublik Deutschland ist in diesem Prozess als Nebenkläger aufgetreten, ein bisher einmaliger Vorgang und ein Stück Wiedergutmachung. Im Dezember 2014 wurden in einem weiteren Prozess vier weitere Angeklagte (frühere Armeeangehörige) wegen ihrer Verbrechen gegen die Menschlichkeit an 204 Häftlingen in EI Vesubio, darunter auch Elisabeth Käsemann, zu lebenslanger Haft verurteilt.